Фітопланктон населяє тільки евфотичну зону водойм (поверхневий шар води з достатньою для фотосинтезу освітленістю). Планктонні водорості мешкають у найрізноманітніших водоймах – від маленької калюжі до океану.
Зазвичай на дні прісних стоячих водойм зустрічаються представники зелених, харових, десмідієвих, діатомових, синьо-зелених та жовто-зелених водоростей, рідше зустрічаються червоні водорості і практично не зустрічаються бурі водорості.
Водорості мешкають у водоймах самої різної солоності: від прісних водойм, мінералізація яких зазвичай не перевищує 0,5 г/л, до вкрай засолених (гіпергалинних) водойм, концентрація солей яких знаходиться в межах від 40 до 347 г/л.
До бурих водоростям відносять ламінарію, макроцистис. До зелених – хлорелу, хламідомонаду, до евгленових – колаціум, астазія, факус, криптоглена і т. д. Також широко відомі такі водорості – спірогіра, улотрикс, ульва, нітелла.