Більшість території Киргизстану розташовується в поясі клімату помірних широт, південні райони – в поясі субтропічного клімату.
Іссик-Куль характерні бризи – вдень вітер дме на узбережжі, вночі з гір та узбережжя на озеро. Гірські хребти перешкоджають розвитку високих швидкостей вітру, тому середньорічна швидкість коливається від 1 до 3 м/с.
Клімат Киргизстану континентальний, тому що Киргизстан розташований далеко від океанів. Хоча літо в містах може бути досить спекотним, у горах порівняно прохолодно навіть у найспекотніші місяці. Зими холодні та снігові, особливо високо в горах.
Середня висота над рівнем моря 2750 м, найбільша висота – 7439 м (Пік Перемоги), найменша – 394 м (на південно-заході республіки). Найбільш високо піднята частина території республіки знаходиться на її східній околиці.