Історія ніндзя Клани ніндзя з'являлися одночасно із формуванням самурайського стану в 9-12 столітті. Але якщо самураї стали наближеними феодального сьогуна-правителя і служили йому вдень і вночі, то ніндзя пішли в ліси, підкорялися виключно голові свого клану і виконували тільки особливі завдання за великі гроші.
Ніндзя — воїни темряви, нещадні, таємничі, що з'явилися в період чвар між правителями, які стали диверсантами, неперевершеними шпигунами і воїнами, які не знають жалю, мають майже нелюдські здібності, вони не зупиняться ні перед чим, щоб виконати завдання.
닌자 «приховується; той, хто ховається» < 忍ぶ синобу «приховувати(ся), ховати(ся); терпіти, переносити» + ки моно – суфікс для людей і професій), інша назва – синобі-но-моно (忍びの者, коротко – синобі 忍び) – розвідник-диверсант, шпигун, шпигун і найманий вбивця в середньовічній Японії; людина, що володіє мистецтвом ниндзюцу.
Японії Перші ніндзя з'явилися в Японії понад десять століть тому, але розквіт ниндзюцу припав на період Сенгоку (період воюючих провінцій, XV і XVI століття).