Рівень радіації при дослідженні КТ коливається між 2 і 10 мЗв, що практично дорівнює кількості радіації, яку людина отримує з довкілля за 3-5 років. Зазвичай КТ не рекомендується вагітним жінкам та дітям, лише якщо це життєво необхідно. При МРТ дії радіації немає.
Загальна доза опромінення, яку отримує людина під час проведення даних досліджень, зазвичай не перевищує 15 мЗв. При проведенні КТ головного мозку доза становить 1-2 мЗв, діагностика великих за обсягом частин тіла, таких як, наприклад, КТ органів черевної порожнини чи малого тазу також незначна – близько 6-11 мЗв.
на МРТ краще видно м'які тканини, тому метод використовується виявлення пухлин, дослідження мозку, хребта, суглобів, малого таза. КТ добре показує травми, переломи, свіжі крововиливи, патології черевної порожнини та грудної клітки.
Тому на запитання, що шкідливіше, однозначною відповіддю буде рентгенографічний метод. Основним недоліком МРТ перед рентгеном є неможливість зробити МРТ пацієнта, який страждає на клаустрофобію, що використовує кардіостимулятор або має інші металеві об'єкти в тілі.