Жінки після лікування методом ЕКЗ мають більш високий ризик розвитку ускладнень вагітності: токсикозів, мимовільних абортів, передчасних пологів та інших ускладнень під час пологів. Ці ускладнення частіше виникають при багатоплідних вагітності, ніж при вагітності одним плодом.
Згідно з отриманими даними стало відомо, що ЕКО не має негативного впливу на здоров'я дитини. Тобто всі ті страхи, про які багато хто переживав – підвищений ризик онкології, глухоти та інших вад розвитку, не мають реальної підстави.
Можливими ускладненнями при проведенні ЕКО є: Зовнішня та внутрішня кровотеча Гостра запалення або загострення хронічного запалення органів жіночої статевої сфери Позаматкова вагітність Багатоплідна маткова та гетеротопічна вагітність
Абсолютні протипоказання до ЕКО: психічні захворювання; патології матки, що призводять до неможливості імплантації ембріонів та виношування вагітності; злоякісні новоутворення, у тому числі в анамнезі; тяжкі захворювання органів (порок серця, 3 ступінь діабету, гіпертонія 2-3 стадії, патології нирок тощо).