Основним джерелом харчування дорослих мух є екскременти людини та тварин. Однак вони охоче використовують і їжу людини. Личинки розвиваються як копрофаги факультативні чи облігатні, можливе хижацтво.
Запилюючи дикі квіти, вони допомагають дрібним ссавцям, які їдять плоди рослин». Також мухи дуже важливі в процесі розкладання біологічних відходів, наприклад, фекалій (так, ці комахи все-таки дуже мерзенні та брудні). Саме тому вони переносять небезпечні захворювання, інфекції та яйця гельмінтів.
Дрібні плодові мухи (дрозофіли) у природі харчуються будь-якою органікою, наприклад плодами та гниючими залишками рослин. Вони відкладають яйця на фрукти, овочі та навіть гриби. Разом із плодами рослин, а також на шерсті тварин, на одязі чи взутті, яйця та личинки дрозофіл потрапляють у будинки та квартири.
Кімнатна муха харчується в основному екскрементами, тухлим м'ясом та гнилими рослинними рештками. Разом з їжею в кишечник цієї комахи потрапляють різні мікроорганізми, які не гинуть, а виділяються назовні.